กระบวนเรือในครั้งแรกในประวัติศาสตร์ไทยที่เก่าแก่ที่สุดคือ การจัดกระบวนเรือรับพระศรีศรัทธาราชจุฬามุนี ศรีรัตนลังกาทีปมหาสามีเป็นเจ้า ซึ่งเป็นหลานพ่อขุนผาเมืองและได้ไปบวชเรียนอยู่ที่ลังกากลับสู่สุโขทัย ในสมัยพระเจ้าลิไท ซึ่งพระองค์ทรงจัดกระบวนเรือรับเสด็จด้วย

นอกจากนี้ ใน “ตำรับท้าวศรีจุฬาลักษณ์” ซึ่งสันนิษฐานว่าน่าจะเป็นหนังสือเก่าเขียนไว้ในสมัยสุโขทัย เพราะมีการกล่าวถึงพระร่วงเจ้าไว้ด้วย จากหนังสือเล่มนี้พบว่า มีชื่อเรือพระที่นั่งสองลำ ซึ่งใช้ในพิธีอาศวยุช อันเป็นพระราชพิธีโบราณที่ประกอบขึ้นในเดือนสิบเอ็ด เพื่อสังเวยพระวิษณุ คือ เรือพระที่นั่งชัยเฉลิมธรณินทร์ กับเรือพระที่นั่งชัยสินธุพิมาน และเมื่อตรวจสอบกับชื่อเรือพระที่นั่งที่สร้างในสมัยหลัง โดยเฉพาะในสมัย รัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ก็ไม่ปรากฏว่ามีเรือพระที่นั่ง ดังกล่าว จึงทำให้น่าเชื่อได้ว่าอาจจะเป็นชื่อเรือพระที่นั่งในสมัยสุโขทัยมาแต่เดิม เพื่อใช้ล่องมานมัสการ พระพุทธชินราชที่พิษณุโลก

อย่างไรก็ดีในหนังสือ “ตำรับท้าวศรีจุฬาลักษณ์” ปรากฏชื่อเรือพระที่นั่งประพาสแสงจันทร์ ซึ่งชื่อเหมือนกับ เรือพระที่นั่งครั้งรัชกาลที่ ๓ เรื่องนี้สมเด็จพระบรมวงศ์เธอกรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงสันนิษฐานไว้ว่า อาจจะเป็นการแต่งเพิ่มเติมเข้าไปในตำรับท้าวศรีจุฬาลักษณ์ ในรัชกาลที่ ๓ เรือพระที่นั่งสุโขทัย มีหลักฐาน ความเป็นมาที่กล่าวมาข้างต้นอันเป็นหลักฐานกล่าวถึงชื่อเรือพระที่นั่งที่เก่าที่สุดของไทย

นอกจากนี้ ในสมัยอดีตของไทยยังปรากฏว่า มีการจัดริ้วกระบวนเรือพระราชพิธีในงานพระบรมศพด้วย การจัดริ้วกระบวนพระราชพิธีที่ใช้ในงานพระบรมศพนั้นมีในกรุงศรีอยุธยา การใช้เรือพระที่นั่งอัญเชิญ พระบรมศพ ปรากฏเป็นครั้งแรกในรัชสมัยของสมเด็จพระเพทราชา

พระองค์ทรงโปรดฯ ให้อัญเชิญพระบรมศพของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช จากเมืองลพบุรี มายัง กรุงศรีอยุธยาเพื่อถวายพระเพลิง โดยใช้เรือพระที่นั่งศรีสมรรถชัย ซึ่งพระเพทราชานั้นได้เสด็จ โดยเรือพระที่นั่งไกรสรมุขพิมานเป็นกระบวนพยุหยาตรา เมื่อถึงพระราชวังหลวงก็เชิญพระบรมโกศ ขึ้นประดิษฐาน ณ พระที่นั่งสุริยามรินทรามหาปราสาท เมื่อถึงกำหนดเวลา

พระราชทานเพลิงพระบรมศพ ก็ได้อัญเชิญพระบรมโกศประดิษฐานเหนือบุษบกพระมหาพิชัยราชรถ เข้าริ้วกระบวนแห่ไปยังพระเมรุมาศ

กระบวนพยุหยาตราทางชลมารคที่ใช้ในการพระบรมศพนั้น ยังคงทำสืบต่อมาอีกหลายรัชกาล ดังเช่น งานพระบรมศพสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี งานพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช งานพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว

แม้ว่าบางรัชกาลจะจัดเฉพาะกระบวนแห่พระอังคารเพื่อไปลอยในแม่น้ำ เช่น การลอยพระอังคาร กรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาทในรัชกาลที่ ๑ ก็อัญเชิญพระอังคารที่ประดิษฐานบนเรือพระที่นั่งกิ่ง ไปลอยที่หน้าวัดปทุมคงคา โดยเฉพาะการพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงเป็น พระมหากษัตริย์พระองค์ที่ ๒ ร่วมกับพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ประทับอยู่ที่ พระราชวังบวรสถานมงคล (วังหน้า) พระบรมศพของพระองค์ถูกอัญเชิญเข้ากระบวนแห่จากประตู โอภาสพิมาน ไปออกประตูพิจิตรเจษฎา ถึงพระตำหนักน้ำแล้วอัญเชิญพระบรมศพ ขึ้นประดิษฐาน เหนือพระแท่นแว่นฟ้าในเรือพระที่นั่งไกรสรมุขพิมานแห่ ไปขึ้นพระมหาพิชัยราชรถที่หน้าวัดพระเชตุพน เพื่อเข้ากระบวนแห่ไปยังพระเมรุมาศ เมื่อพระราชทานเพลิงพระบรมศพแล้วได้แห่พระอังคารด้วย กระบวนเรือพระที่นั่ง โดยผอบ พระอังคารประดิษฐานบนเรือพระที่นั่งไกรสรมุขพิมาน ไปลอยที่ หน้าวัดย่านยาว เช่นเดียวกับงานพระบรมศพพระบาท

สมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว แต่ของพระองค์ทรงเรือพระที่นั่งเอกไชย และริ้วกระบวนประกอบด้วย เรือพระที่นั่งกิ่ง ๒ ลำ ตั้งบุษบก เรือศรี ๔ ลำ เรือม่านทองแย่ง ๒ ลำ เรือม่านลาย ๒ ลำ เรือกราบผูก ม่านทอง ๘ ลำ มีเรือตั้งเป็นเรือคู่ชัก ๑๐ คู่

ปัจจุบันการใช้กระบวนเรือพระที่นั่งอัญเชิญพระบรมศพหรือพระอังคารมิได้ปรากฏอีก กล่าวได้ว่า ได้หมดความ สำคัญไปแล้วนั่นเอง