ในสมัยโบราณนั้นเราทราบว่าชาวสยามยังไม่มีการใช้ธงที่เป็นสัญลักษณ์แทนอาณาจักรของชาวสยามจากจดหมายเหตุของชาวต่างประเทศ ที่อ้างว่าเมื่อวันที่ ๓ กันยายน พ.ศ.๒๒๒๓ ในรัชสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช เรือสัญชาติฝรั่งเศสของบริษัทอินเดียตะวันออก ชื่อ เลอโวตูร์ (Le Vautour) ซึ่งมี มองซิเออร์ บูโร เดส์ลังด์ (Boureau Deslands) เป็นนายเรือ มีจุดประสงค์เพื่อเข้ามาจัดตั้งคลังสินค้าที่กรุงศรีอยุธยา แล่นเข้ามาสู่ปากแม่น้ำเจ้าพระยา เมื่อถึงป้อมวิไชเยนทร์ (ปัจจุบันคือ ป้อมวิชัยประสิทธิ์) นายเรือได้สอบถามไปยังกรุงศรีอยุธยาว่าหากจะยิงสลุตให้ตามประเพณีของชาวยุโรปจะขัดข้องหรือไม่ สมเด็จพระนารายณ์มหาราชทรงอนุญาต และมีรับสั่งให้เจ้าเมืองบางกอก คือ ออกพระศักดิ์สงคราม (ชาวเตอรกี) สั่งให้ทางป้อมวิไชเยนทร์ ยิงสลุตตอบแก่เรือฝรั่งเศสตามธรรมเนียม แต่เมื่อเรือฝรั่งเศสจะยิงสลุตทางไทยได้ชักธงชาติฮอลันดาขึ้นรับเพราะไม่มีธงชาติของตนเอง แต่เรือฝรั่งเศสไม่ยอมสลุตรับธงฮอลันดาเพราะเคยเป็นอริกันมาก่อน และถือว่าไม่ใช่ธงชาติไทย ออกพระศักดิ์สงครามจึงแก้ไขโดยนำธงแดง (ซึ่งหาได้ง่ายกว่าผ้าอย่างอื่น) ขึ้นชักแทนธงชาติ เรือฝรั่งเศสจึงยอมสลุตคำนับ และตั้งแต่นั้นมาจึงถือเอาว่าธงสีแดงเป็นเสมือนธงชาติของไทยเรื่อยมา

ความข้างต้นนี้ตรงกับที่สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ บรรยายไว้ในพระนิพนธ์ “อธิบายเรื่องธงไทย” ว่า

“แต่โบราณมาเมื่อครั้งกรุงศรีอยุธยายังเป็นราชธานี ใช้ธงสีต่างๆเป็นเครื่องหมายสำหรับกองทัพกองละสี ใช้ในเวลาเมื่อจัดกองทัพไปทำสงคราม ส่วนเรือกำปั่นเดินทะเลใช้ธงสีแดงเป็นเครื่องหมาย ยังหามีธงชาติอย่างเช่นเข้าใจกันทุกวันนี้ไม่”

ทั้งนี้ นอกจากการใช้ธงแดงชักบนเรือเพื่อเป็นการบอกสัญชาติของเรือว่าเป็นของชาวสยามแล้วนั้น ก็ไม่ปรากฏหลักฐานใดๆบ่งบอกว่ามีการชักธงหรือประดับธงตามสถานที่ราชการของสยามมาจนถึงสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น

อย่างไรก็ตามการใช้ธงสีแดงเกลี้ยงชักขึ้นบนเรือสำเภาขนส่งสินค้าเพื่อเป็นเครื่องบ่งบอกสัญชาติเรือของชาวสยามนั้นได้ใช้กันมาตั้งแต่สมัยอยุธยา ต่อมาจนกระทั่งกรุงธนบุรีและรัตนโกสินทร์ตอนต้น โดยธงแดงดังกล่าวนี้ใช้กับเรือสำเภาทั้งของหลวงและของเอกชนโดยไม่มีการแบ่งแยกออกจากกัน

เมื่อถึงรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช พระองค์ทรงมีพระราชดำริว่าเรือหลวงกับเรือราษฎรควรมีเครื่องหมายแสดงให้เห็นถึงความแตกต่างกัน จึงมีพระบรมราชโองการให้ทำรูปวงจักรสีขาวติดไว้กลางพื้นธงแดงสำหรับเป็นเครื่องหมายใช้เฉพาะในเรือของหลวง ส่วนเรือค้าขายของราษฎรให้คงใช้ธงแดงเกลี้ยงตามเดิม ครั้งต่อมาถึงรัชสมัยของพระสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ก็เกิดการเปลี่ยนแปลงกับธงสำหรับชักบนเรือขึ้นอีกครั้ง ตามที่สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ อธิบายไว้ในหนังสือ “อธิบายเรื่องธงไทย” เอาไว้ว่า

“ถึงรัชกาลที่ ๒ กรุงรัตนโกสินทร์ ระหว่าง พ.ศ.๒๓๖๐ ถึง พ.ศ.๒๓๖๖ เมื่ออังกฤษตั้งสถานีการค้าที่เมืองสิงคโปร์แล้วพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย โปรดฯ ให้สร้างเรือกำปั่นหลวงขึ้น ๒ ลำ สำหรับการค้าของรัฐบาล คือหาเครื่องศัสตราวุธ เป็นต้น ไปมาในระหว่างกรุงเทพฯ กับเมืองสิงคโปร์และเมืองมาเก๊า เรือทั้ง ๒ ลำ นั้นก็ชักธงแดง อังกฤษเจ้าเมืองสิงคโปร์บอกให้นายเรือเข้ามากราบทูลว่าเรือทะเลของพวกชวา มลายูที่ไปค้าขาย ณ เมืองสิงคโปร์ก็ชอบชักธงแดงเหมือนกัน ขอให้พระเจ้าอยู่หัวกรุงสยามใช้ธงอย่างอื่นเสีย จะได้จัดการรับรองเรือหลวงได้สะดวก ในสมัยนั้น พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ได้ช้างเผือกไว้ ๓ ตัว ซึ่งนับถือในประเพณีไทยว่าเป็นพระเกียรติยศอย่างสูง จึงโปรดฯ ให้ทำรูปช้างสีขาวอยู่ในวงจักรสีขาว ติดไว้กลางธงแดง หมายความว่าพระเจ้าแผ่นดินอันมีช้างเผือก (รูปช้างอยู่ในวงจักร ได้เอามาใช้เป็นตราด้านหลังเงินเหรียญ ครั้งรัชกาลที่ ๔) แต่ธงตราช้างอยู่ในวงจักรใช้แต่เรือหลวง เรือพ่อค้าไทยยังใช้ธงแดงอยู่อย่างเดิม”

ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ไม่มีการเปลี่ยนแปลงเรื่องเกี่ยวกับธงไทยแต่อย่างใดจนกระทั่งล่วงเข้ามาถึงรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงเกิดการเปลี่ยนแปลงเกี่ยวกับการใช้ธงของสยามเป็นครั้งใหญ่ขึ้นอีกครั้งหนึ่ง โดยมีสาเหตุตามที่สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ อธิบายไว้ในหนังสือ “อธิบายเรื่องธงไทย” เอาไว้ว่า

“ถึงรัชกาลที่ ๔ เมื่อ พ.ศ.๒๓๙๘ ทำหนังสือสัญญาเปิดการค้าขายกับชาวตะวันตก มีเรือกำปั่นชาวยุโรปและอเมริกาเข้ามาค้าขายในกรุงเทพฯ กงสุลต่างประเทศก็เข้ามาตั้งอยู่ในกรุงเทพฯ เขาชักธงชาติของเขา ความจำเป็นที่จะต้องมีธงชาติของสยามเกิดขึ้นด้วยเหตุนั้น พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงโปรดฯ ให้ใช้ธงช้างที่ประดิษฐ์ขึ้นเมื่อรัชกาลที่ ๒ เป็นธงชาติ แต่ให้เอารูปจักรออกเสีย ด้วยจักรเป็นเครื่องหมายเฉพาะ

สำหรับพระเจ้าแผ่นดิน ให้คงแต่มีรูปช้างเผือกอยู่กลางธงแดง แล้วทรงประดิษฐ์ธงขึ้นอีก ๒ อย่าง อย่างหนึ่งเรียกว่าธงมหามงกุฎสำหรับประจำพระองค์พระเจ้าแผ่นดิน พื้นธงสีแดงเหมือนธงชาติ แต่มีพื้นสีขาบอยู่กลาง ในพื้นสีขาบนั้นมีรูปพระมหามงกุฎอยู่กลาง กับฉัตร ๒ ข้างเป็นสีเหลือง อีกอย่างหนึ่งเรียกว่า “ธงไอยราพต” พื้นแดงเหมือนธงชาติ มีรูปช้าง ๓ เศียร สีขาวผูกเครื่องยืนแท่น มีบุษบกตั้งบนหลังช้างและมีรูปฉัตรตั้งข้างหน้าและข้างหลังข้างละ ๔ คัน อยู่กลางธงสำหรับรัฐบาลสยาม”

อย่างไรก็ตาม นอกจากการเปลี่ยนธงเรือโดยเอารูปจักรออกจากธงช้างบนพื้นแดงแล้ว พระองค์ยังโปรดให้สร้างธงสำหรับชักที่หน้าเรือของหลวงขึ้นอีกผืนหนึ่ง ดังปรากฏความในพระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๘ ดังนี้

“...แลให้ทำรูปช้างเผือกบนพื้นสีขาบขึ้นอีกอย่างหนึ่ง สำหรับใช้ชักที่น่าเรือหลวงทั้งปวง ให้เปนที่สังเกตเห็นต่างเรือของราษฎรด้วย...”

สำหรับธงมหามงกุฎ หรือ ธงจอมเกล้า และ ธงไอยราพต นั้นมีวิธีการใช้ที่แตกต่างกันตามที่ปรากฏคำอธิบายใน พระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๘ ดังนี้

“...อนึ่ง เวลาเสด็จพระราชดำเนินโดยขบวนเรือหลายลำทวยราษฎร ผู้ตั้งใจจะเคารพเฉภาะต่อใต้ฝ่าละอองธุลีพระบาท สังเกตไม่ได้ว่าเสด็จพระราชดำเนินโดยเรือลำใด ทรงพระกรุณาเพื่อจะเอาใจราษฎร จึงดำรัสเหนือเกล้าฯ ให้ทำธงสำหรับพระองค์ขึ้นอีกอย่างหนึ่ง พื้นนอกสีแดง พื้นในสีขาบ กลางมีมหาพิไชยมงกุฎ แลเครื่องสูง ๗ ชั้น ๒ ข้าง สำหรับชักขึ้นบนเสาเรือพระที่นั่ง เปนที่หมายว่าได้เสด็จพระราชดำเนินโดยเรือลำนั้นแล้ว แลโปรดเกล้าฯ ให้ใช้ชักขึ้นบนเสาในพระบรมมหาราชวังด้วย ภายหลังเมื่อมิได้เสด็จประทับอยู่ในพระมหานคร ต้องลดธงสำหรับพระองค์ลงเสาเปล่าอยู่ดูมิบังควร จึงดำรัสเหนือเกล้าฯ ให้ทำธงไอยราพตอย่างพระราชลัญจกรไอยราพต ประจำแผ่นดินสยามขึ้นใหม่ สำหรับใช้ชักขึ้นบนเสาในพระบรมมหาราชวัง ในเวลาที่มิได้ประทับอยู่ในพระมหานครอีกอย่างหนึ่งด้วย”

นอกจากนี้แล้ว เมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จพระราชดำเนินไปยังพระตำหนักน้ำ จะโปรดเกล้าให้ชักธงมหามงกุฎขึ้นไว้บนเสาธงริมพระตำหนักน้ำด้วย เพื่อให้รู้ว่าเสด็จอยู่ที่พระตำหนักน้ำและห้ามมิให้เรือเจ้าต่างกรม เจ้ายังมิได้ตั้งกรม เรือข้าราชการ เรือราษฎรแจวพายขึ้นล่องผ่านไปหน้าพระตำหนักน้ำนั้น ทั้งนี้ ธงมหามงกุฎ นี้ยังได้ใช้สำหรับเรือของราชทูตสยามอีกด้วย โดยใน “จดหมายเหตุหม่อมราโชทัย” ระบุว่าเมื่อคณะทูตสยามกำลังเดินทางไปเจริญสัมพันธไมตรีกับประเทศอังกฤษ เมื่อ พ.ศ.๒๔๐๐ ทางฝ่ายอังกฤษได้ให้เรือรบชื่อ เอนกวนเตอ มารับไปเมื่อหยุดพักที่เมืองท่าต่างๆ เช่น สิงคโปร์ ฝ่ายคณะทูตสยามก็ได้มีการชัก ธงมหามงกุฎ ขึ้นที่เสากระโดงหน้าเพื่อเป็นสัญญาณบ่งบอกว่าเป็นเรือราชทูตของพระมหากษัตริย์สยาม และให้เจ้าหน้าที่ของอังกฤษที่ประจำอยู่ที่เมืองท่าต่างๆทำการต้อนรับ หรือเมื่อเดินทางถึงเมืองสุเอซ กัปตันให้ทอดสมอลงหน้าเมืองแล้วชักธงมหามงกุฎขึ้นบนปลายเสาหน้า ประมาณไม่ถึงชั่วโมง รองกงสุลอังกฤษก็ให้จัดเรือกลไฟเล็กลำหนึ่งออกมารับพวกราชทูตและเครื่องราชบรรณาการ โดยที่เรือกลไฟเล็กนั้น หน้าเรือก็ได้ปักธงมหามงกุฎ ส่วนท้ายเรือปักธงตุรกี แสดงเป็นเครื่องหมายว่าเป็นเรือของราชทูตสยาม

เมื่อถึงรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ในช่วงต้นรัชกาลก็ยังมีการใช้ธงทั้ง ๔ อย่างนี้อยู่ (ธงช้างเผือกบนพื้นแดง , ธงช้างเผือกบนพื้นขาบ , ธงมหามงกุฎ , ธงไอยราพต) แต่ได้ทรงโปรดเกล้าฯ ให้เติม “โล่ห์ตราแผ่นดิน” ลงไปภายใต้มหาพิไชยมงกุฎ ของธงมหามงกุฎ

อย่างไรก็ตาม ตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยามาจนถึงแผ่นดินพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวก็ยังหาได้มีการกำหนดแบบอย่างการใช้ธงในราชการต่างๆให้เป็นที่แน่นอนไม่ เมื่อมาถึงรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งกองข้าหลวงให้ตรวจแบบอย่างที่สมควรแล้วจึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตรา “พระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ.๑๑๐” ขึ้นเพื่อให้การใช้ธงในราชการต่างๆมีแบบแผนเป็นที่แน่นอน เป็นครั้งแรก เมื่อวันที่ ๒๕ มีนาคม ร.ศ.๑๑๐ (พ.ศ.๒๔๓๔)

พระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ.๑๑๐ ได้มีการจัดพิมพ์อย่างประณีตสวยงามไม่ว่าจะเป็นความคมชัดของตัวพิมพ์ การพิมพ์ภาพประกอบ และการทำปกเข้าเล่ม โดยดำเนินการจัดทำขึ้นที่เมืองไลป์สิก (Leipzig) ประเทศเยอรมัน (German) ณ โรงพิมพ์นาย ดับเบิ้ลยู. ดรุ๊คลิน (W. Drugulin) เป็นจำนวน ๑,๐๐๐ เล่ม ซึ่งการจัดทำหนังสือพระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยามนี้ได้จัดพิมพ์ขึ้นเป็น ๓ ภาษา ได้แก่ ภาษาไทย ภาษาอังกฤษ ภาษาฝรั่งเศส และ ภาษาเยอรมัน ซึ่งจุดเด่นของตัวพิมพ์ภาษาไทยในการจัดพิมพ์พระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยามเล่มนี้ อยู่ที่ความอ่อนช้อยของตัวอักษร และ ตัว ญ หญิง มีหางติดกับตัวอักษร

แต่อย่างไรก็ตาม พระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ.๑๑๐ นี้ กว่าจะได้ประกาศลงในราชกิจจานุเบกษาก็ผ่านไปถึง ๔ ปี โดยได้ประกาศลงในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ ๑๒ แผ่นที่ ๑๘ วันที่ ๔ สิงหาคม รัตนโกสินทร์ศก ๑๑๔ หน้า ๑๓๙