แม้ว่าพระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ.๑๑๐ จะเป็นพระราชบัญญัติที่วางแบบแผนเกี่ยวกับการใช้ธงแบบต่างๆอย่างชัดเจนเป็นครั้งแรก แต่ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวนั้นก็มีการตราพระราชบัญญัติเกี่ยวกับ “ธง” ถึง ๓ ฉบับ ด้วยกันโดยพระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ.๑๑๐ มีระยะเวลาการใช้อยู่เพียง ๖ ปี ก็มีการตราพระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๖ ขึ้นใช้แทน และต่อมาอีกเพียง ๒ ปี ก็มีการตราพระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๘ ขึ้นใช้ เป็นฉบับสุดท้ายในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว(และใช้ต่อมาจนถึง ร.ศ.๑๒๙) ธงพระราชบัญญัติทั้ง ๓ ฉบับ นี้มีข้อเหมือนหรือแตกต่างกันอย่างไรเป็นสิ่งที่จะได้กล่าวถึงต่อไปนี้

พระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ.๑๑๐	พระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๖	พระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๐
๑. ธงบรมราชธวัชมหาสยามินทร์	๑. ธงมหาราช	๑. ธงมหาราช
๒. ธงจุฑาธิปไตย	๒. ธงไอยราพต	๒. ธงไอยราพต
๓. ธงเยาวราชธวัช	๓. ธงราชินี	๓. ธงราชินี
๔. ธงไชยเฉลิมพล	๔. ธงเยาวราช	๔. ธงเยาวราช
๕. ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น สำหรับผู้แทนพระองค์พระเจ้าแผ่นดิน ฤาผู้แทนคอเวอนเมนต์	๕. ธงราชวงษ์	๕. ธงราชวงษ์
๖. ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น สำหรับกงสุลประจำราชการต่างประเทศ	๖. ธงเรือหลวง	๖. ธงราชวงษ์ สำหรับพระบรมวงษานุวงษ์ฝ่ายใน
๗. ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น สำหรับผู้ซึ่งไปราชการแลผู้ว่าราชการเมือง	๗. ธงเสนาบดี	๗. ธงเรือหลวง
๘. ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น สำหรับเรือพระที่นั่งแลเรือรบหลวง	๘. ธงฉาน	๘. ธงเสนาบดี
๙. ธงเกตุ	๙. ธงหางแซงแซว	๙. ธงฉาน
๑๐. ธงหางแซงแซว	๑๐. ธงหางจระเข้	๑๐. ธงหางแซงแซว
๑๑. ธงหางจระเข้	๑๑. ธงผู้ใหญ่	๑๑. ธงหางจระเข้
๑๒. ธงนำร่อง	๑๒. ธงชาติ	๑๒. ธงผู้ใหญ่
๑๓. ธงชาติสยาม	๑๓. ธงนำร่อง	๑๓. ธงชาติ
		๑๔. ธงนำร่อง

จะเห็นว่า “ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น” มีซ้ำกันถึง ๔ ชนิด แต่มีรายละเอียดข้อสังเกตที่แตกต่างกัน ดังนี้

๑. “ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น สำหรับผู้แทนพระองค์พระเจ้าแผ่นดิน ฤาผู้แทนคอเวอนเมนต์”ที่มุมธงข้างบนมีโล่ตราแผ่นดิน และมีจักรี-มงกุฎข้างบนนั้น

๒. “ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น สำหรับกงสุลประจำราชการต่างประเทศ” ที่มุมข้างบนมีโล่ตราแผ่นดิน

๓. “ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น สำหรับผู้ซึ่งไปราชการแลผู้ว่าราชการเมือง” ที่มุมธงข้างบนมีวงขาวกลมโต ๑/๔ ของส่วนกว้างของธงนั้น ในกลางวงมีตราตำแหน่งของผู้ที่ไปราชการนั้นๆหรือตรานามเมือง

๔. “ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น สำหรับเรือพระที่นั่งแลเรือรบหลวง” ที่มุมธงข้างบนมีจักร

เมื่อมีการตราพระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๖ ธงชนิดต่างๆตามที่บัญญัติไว้ในพระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ.๑๑๐ ก็มีบางชนิดที่ยังใช้คงเดิม แต่ก็มีบางชนิดที่มีการเปลี่ยนแปลงไป ดังนี้

๑. ธงบรมราชธวัชมหาสยามินทร์ เปลี่ยนชื่อเป็น “ธงมหาราช” และกำหนดรายละเอียดขนาดของธงให้แน่นอนขึ้นว่า “ขนาดกว้าง ๕ ส่วน ยาว ๖ ส่วน พื้นในสีขาบขนาดกว้าง ๓ ส่วน ยาว ๔ ส่วน”

๒. ธงจุฑาธิปไตย เปลี่ยนมาเป็น “ธงไอยราพต” ดังเช่นในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว คือ เป็นธงพื้นสีแดงมีรูปช้างไอยราพตสามเศรียรทรงเครื่องยืนแท่น หันหน้าไปข้างเสา มีบุษบกทรงอุณาโลมไว้ภายในตั้งอยู่บนหลัง ๗ ชั้น อยู่ข้างหน้าช้าง ๒ องค์ และข้าง-หลังช้าง ๒ องค์ ใช้เป็นธงประจำแผ่นดินสยามสำหรับชักขึ้นในพระมหานครเวลาที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวไม่ได้ประทับอยู่

๓. ธงเยาวราชธวัช ถูกยกเลิก โดยเพิ่มเติมธงชนิดใหม่เพื่อเข้ามาทำหน้าแทนและกำหนดการใช้ที่ชัดเจนยิ่งขึ้น ดังนี้

๓.๑ ธงราชินี ใช้สำหรับ สมเด็จพระอัครมเหสี ธงนี้มีพื้นนอกสีแดงขนาดกว้าง ๑๐ ส่วน ยาว ๑๕ ส่วน ชายตัดเป็นแฉกรูปอย่างหางนกแซงแซว ลึกเพียงส่วนที่ ๔ แห่งด้านยาว พื้นในถัดมุมแฉกเข้ามาส่วนหนึ่งเป็นสีขาบ ขนาดกว้าง ๖ ส่วน ยาว ๘ ส่วน รูปเครื่องหมายในพื้นสีขาบเหมือนกับธงมหาราช

๓.๒ ธงเยาวราช ใช้สำหรับ สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช มกุฎราชกุมาร ธงนี้มีพื้นสีขาบขนาดกว้าง ๕ ส่วน ยาว ๖ ส่วน รูปเครื่องหมายในกลางธง เหมือนอย่างธงมหาราชยกเว้นแต่เครื่องสูงสองข้างโล่ห์นั้นเป็นฉัตร ๕ ชั้น

๓.๓ ธงราชวงศ์ ใช้สำหรับ พระราชวงศ์ผู้ใหญ่ (ต้องมีอิสริยยศสมควรที่จะรับสลุตอย่างหลวง ๒๑ นัด ในเรือรบมีทหารยืนบนเพลาใบและทหารบกยืนแถวคลี่ธงไชย แตรทำเพลงสรรเสริญพระบารมีถวายคำนับเป็นเกียรติยศเท่านั้น พระราชวงศ์อันมีอิสริยยศต่ำกว่านี้ นับเป็นพระราชวงศ์ชั้นผู้น้อย ถ้าจะใช้ธงราชวงศ์จะต้องได้รับพระบรมราชานุญาตเป็นกรณีพิเศษ) ธงนี้มีขนาดกว้าง ๕ ส่วน ยาว ๖ ส่วน พื้นเป็นสีขาบตรงกลางมีรูปโล่ตราแผ่นดิน บนโล่ตราแผ่นดินนั้นมีรูปจักรีไขว้กันและมีมหามงกุฎสวมอยู่บนจักรี

๔. ธงไชยเฉลิมพล ถูกยกเลิก

๕. ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น ทั้ง ๔ ชนิด ได้ยกเลิกโดยเปลี่ยนแปลงรวมมาเป็นชนิดเดียว คือ เป็น “ธงเรือหลวง” ซึ่งมีพื้นสีแดงตรงกลางมีรูปช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น ธงชนิดนี้ใช้สำหรับชักในเรือหลวงทั้งปวง ที่ป้อมทหารและที่พักทหารซึ่งขึ้นอยู่กับกรมทหารเรือ

๖. ธงเกตุ เปลี่ยนชื่อเป็น “ธงฉาน” และได้กำหนดรายละเอียดเพิ่มเติม คือ นอกจากเดิมที่กำหนดให้เป็นธงพื้นสีขาบตรงกลางมีรูปช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่นหันหน้าเข้าข้างเสา ก็ได้เพิ่มรูปจักรสีขาวที่มุมบนข้างหน้าช้างสำหรับตำแหน่งนายพลเรือโท หรือรูปจักรสีขาวทั้งมุมบนมุมล่างข้างหน้าช้างสำหรับตำแหน่งนายพลเรือตรี (ถ้าไม่มีรูปจักรสีขาว ใช้สำหรับตำแหน่งนายพลเรือเอก)

๗. ยกเลิกธงหางแซงแซวเดิม เปลี่ยนเป็น “ธงหางแซงแซว” แบบใหม่ ซึ่งมีลักษณะเหมือนธงฉานทุกประการแต่ตัดชายเป็นแฉกอย่างหางนกแซงแซว ใช้สำหรับตำแหน่งนายพลเรือจัตวา

๘. ยกเลิกธงหางจระเข้แบบเดิม เปลี่ยนเป็น “ธงหางจระเข้” แบบใหม่ โดยมีขนาดกว้างต้น ๗ นิ้ว เรียวปลายแหลม ยาวสามวา ส่วนหนึ่งข้างต้นพื้นสีแดง สองส่วนข้างปลายพื้นสีขาบ ทั้งนี้ ตัดรูปวงจักรสีขาวอย่างธงหางจระเข้แบบเดิมออก ธงนี้ใช้สำหรับเฉพาะนายเรือ

๙. ธงชาติสยาม เปลี่ยนชื่อเป็น ธงชาติ ส่วนลักษณะต่างๆยังคงเป็นเช่นเดิม คือ พื้นสีแดงตรงกลางเป็นรูปช้างเผือกหันหน้าเข้าข้างเสา

๑๐. ธงนำร่องยังคงมีลักษณะเช่นเดิม คือ เหมือนกับธงชาติแต่เพิ่มขอบสีขาวโดยรอบ

๑๑. ทั้งนี้ พระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๖ ได้กำหนดให้เพิ่ม “ธงผู้ใหญ่” สำหรับใช้คู่กับธงหางจระเข้เพื่อเป็นที่หมายบอกว่านายเรือผู้ใหญ่อยู่ในเรือลำนั้น โดยธงผู้ใหญ่นี้มีขนาดต้นกว้าง ๑๔ นิ้ว ยาวศอกคืบ เรียวปลายแหลมส่วนหนึ่ง ข้างต้นพื้นสีขาบ ๒ ส่วน ข้างปลายพื้นสีขาวมีจักรสีขาวอยู่กลางพื้นสีขาบ และ เพิ่ม “ธงเสนาบดี” สำหรับใช้เป็นเครื่องหมายสำหรับตัวเสนาบดีหรือรองเสนาบดีของกระทรวงทหารเรือโดยธงเสนาบดีนี้ มีพื้นสีขาบ ตรงกลางมีรูปสมอสอดอยู่ในวงจักรสีเหลือง ข้างบนมีมหามงกุฎ

ทั้งนี้ จากการที่ได้ยกเลิกธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น ทั้ง ๔ ชนิด ไปทำให้บรรดาผู้แทนพระองค์ กงสุล ผู้ไปราชการ และผู้ว่าราชการเมือง ไม่มีธงประจำตัว ดังนั้น พระราชบัญญัติธง ร.ศ. ๑๑๖ มาตรา ๕ จึงแก้ไขปัญหานี้โดยกำหนดให้“ข้าทูลลอองธุลีพระบาท บรรดามีตำแหน่งน่าที่ราชการอันหนึ่งอันใด จะใช้ธงเปนที่หมายตำแหน่งน่าที่ ให้ปรากฏในคราวไปราชการ ก็จงให้ใช้ธงเรือหลวงนั้นเปนที่หมาย แต่ต้องเติมรูปตราตำแหน่ง ฤาตรานามกรม ลงไว้ที่มุมธงข้างบนข้างน่าช้างเปนสำคัญ ถ้าผู้ใด ตำแหน่งใดกรมใด จะใช้ตราอย่างใด เปนเครื่องหมายในธง ต้องกราบบังคมทูลพระกรุณา ขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตก่อน เมื่อได้รับพระราช-ทานพระบรมาชานุญาตโดยประกาศในราชกิจจานุเบกษาแล้ว จึ่งให้ใช้ได้ ตราตำแหน่งอันได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระบรม-ราชานุญาตแล้วนั้น คือ

ตราราชทูตแลข้าหลวงต่างพระองค์

๑ ราชทูต ฤาข้าหลวงใหญ่ ในสถานตำแหน่งผู้ที่แทนพระองค์พระเจ้าแผ่นดิน ฤาผู้แทนรัฐบาล ใช้ตรารูปโล่ห์ตราแผ่นดินมีจักรีมหามงกุฎอยู่เบื้องบนตรากงสุล

๒ กงสุลประจำราชการต่างประเทศ ใช้ตรารูปโล่ห์ตราแผ่นดิน”

พระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๖ นี้มีผลบังคับใช้อยู่ประมาณ ๒ ปี เท่านั้น ก็ได้มีการตราพระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๘ ขึ้นมาบังคับใช้แทนเนื่องจาก “พิจารณาเห็นว่าธงทุกอย่างตามพระราชบัญญัติ ซึ่งดำรัสเหนือเกล้าฯ ให้ตราไว้แล้วนั้น บางอย่างควรการ บางอย่างเกินการ แลบางอย่างไม่พอการ ควรที่จะเลิกถอนเสียบ้าง เปลี่ยนแปลงเพิ่มเติมขึ้นบ้าง ผสมกับของเก่าที่คงใช้ได้ สำหรับใช้ให้พอเพียงแก่การอันควรใช้ในสมัยนี้”

แต่พระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๘ นี้ ก็แทบจะเหมือนกับพระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๖ เลยทีเดียว ผิดกันก็แต่ในส่วนของธงราชวงศ์ ที่ได้กำหนดให้เพิ่มเติม “ธงราชวงศ์ สำหรับพระบรมวงศานุวงศ์ฝ่ายใน” ขึ้น โดยที่มีรูปร่างลักษณะเหมือนอย่างกับธงราชวงศ์ทุกประการ เว้นแต่ต้องตัดชายเป็นแฉกรูปอย่างหางนกแซงแซวเท่านั้น นอกนั้นธงทุกชนิดยังคงเหมือนในพระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๖ ทุกประการ

ทั้งนี้ ธงต่างๆที่กำหนดขึ้นตามพระราชบัญญัติธง ร.ศ.๑๑๖ และ ๑๑๘ นั้น เว้นแต่ธงมหาราช และธงไอยราพต แล้ว ธงทั้งปวงที่สร้างขึ้นจะใช้สำหรับชักขึ้นบนเรือ เพื่อเป็นเครื่องหมายสำหรับบอกตำแหน่งของผู้ที่มีตำแหน่งสูงสุดที่อยู่บนเรือลำนั้นเป็นสำคัญ

ส่วนธงนำร่องก็ใช้บอกสถานะของเรือลำนั้น ว่าเป็นเรือที่ใช้ในการนำร่อง และธงชาติ (ธงพื้นสีแดงตรงกลางเป็นรูปช้างเผือก) ก็ใช้ชักขึ้นบนเรือเพื่อทำหน้าที่บอกสัญชาติของเรือลำนั้นว่าเป็นเรือของชาติสยามเป็นสำคัญ

อนึ่ง สำหรับธงชาติ (ธงช้าง) นี้ ก่อนหน้าที่จะมีพระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ.๑๑๐ นั้น นอกจากใช้ชักขึ้นเรือสัญชาติสยามแล้วยังใช้เป็นธงสำหรับนำเสด็จสมเด็จกรมพระราชวังบวรสถานมงคลด้วย ดังที่ สมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ได้กล่าวไว้ในนังสือเรื่อง “ความทรงจำ” ถึงกระบวนเสด็จของกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญ วังหน้าพระองค์สุดท้ายในรัชกาลของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ว่า

“...เวลาที้เจ้านายพวกฉันออกไปเรียนภาษามคธนั้น ร่วมกับเวลาประชุมปรึกษาราชการแผ่นดิน ที้เก๋งวรสภาภิรมย์ อยู่ใกล้ๆกันได้ยินถนัด เสียงเจ้าพระยาภูธราภัย สมุหนายกนั้นดังกว่าเพื้อน แต่ปรึกษาหารือกันอย่างไรไม่เข้าใจ ถึงกระนั้นก็ชอบแอบดูตามประสาเด็ก พอจวนเวลา ๑๑ นาฬิกา กรมพระราชวังบวรฯ เสด็จมา มีกระบวนแห่มาจากวังหน้าทุกวัน กระบวนหน้ามีทหารคน ๑ ถือธงช้างนำ แล้วถึงแตรวงและทหารราบกองร้อย ๑ พวกนี้มาหยุดอยู่นอกประตูวิเศษชัยศรี ต่อนั้นถึงกระบวนตำรวจหน้าเดิน ๒ สาย ไพร่ถือมัดหวาย นายถือหอก เดินเข้ามาจนถึงประตูพิมานชัยศรี ต้องวางหอกและมัดหวายไว้เพียงนั้นเดินประสานมือเปล่าเข้าประตูต่อมา กรมพระราชวังบวรฯ ทรงพระราชยาน กั้นพระกลด มีมหาดเล็กเชิญเครื้องตามและมีวอที้นั้งรอง (สำหรับทรงเวลาฝนตก) ด้วยหลัง ๑ กระบวนหลังมีนายทหารคาดกระบี้และตำรวจหลังเดินแซง ๒ สาย มาปลดกระบี้วางหอกที้นอกประตูพิมานชัยศรีเหมือนพวกกระบวนหน้า...”